Das „Datenschürfen“ (Data Mining) bei Gesundheitsdaten muss jedoch in Übereinstimmung mit den rechtlichen Bestimmungen, insbesondere denen zum Schutz personenbezogener Daten, erfolgen und kann ethische Fragen aufwerfen. Problematisch ist insbesondere die Einhaltung des Grundsatzes der ausdrücklichen und in Kenntnis der Sachlage gegebenen Einwilligung, wo diese erforderlich ist, wenn beispielsweise der Patient der Verwendung seiner personenbezogenen Daten zu Forschungszwecken nicht ausdrücklich zugestimmt hat, als er um diese Zustimmung gebeten wurde.
Data mining of health data must however be done in compliance with legal requirements, including for the protection of personal data and may give rise to ethical issues, in particular regarding the respect of the principle of informed and explicit consent, where that is relevant, e.g. if the patient did not expressly permit his personal data to be used for research purposes at the time he was asked for his consent.