Sur cette double base, le GEE énonce les principes éthiques devant guider la démarche des instances européennes, à savoir notamment le respect de la dignité humaine, du principe du consentement, du principe de justice et de bienfaisance (amélioration et protection de la santé), de la liberté de la recherche ainsi que le respect du "principe de proportionnalité" entre les moyens utilisés pour la recherche et les buts poursuivis.
Auf dieser Grundlage schlägt die EGE ethische Prinzipien vor, die die Europäischen Organe bei der Wahrnehmung ihrer Befugnisse leiten sollen. Zu diesen Prinzipien zählen die Achtung der Menschenwürde, die Autonomie der betroffenen Personen, der Grundsatz der Gerechtigkeit und Benefizienz (Verbesserung der Gesundheit und Gesundheitsschutz), die Freiheit der Forschung sowie der Grundsatz der Verhältnismäßigkeit von Forschungsmethoden und Forschungszielen.