Horizon 2020 est mis en œuvre en complémentarité avec d'autres programmes et politiques de financement de l'Union, dont les fonds structurels et d'investissement européens (ci-après dénommés "fonds ESI"), la politique agricole commune, le programme pour la compétitivité des entreprises et des petites et moyennes entreprises (COSME) (2014-2020), le programme Erasmus+ et le programme LIFE.
Horizont 2020 ist so durchzuführen, dass es andere Förderprogramme und Politiken der Union ergänzt, darunter auch die europäischen Struktur- und Investitionsfonds (ESI-Fonds), die Gemeinsame Agrarpolitik, das Programm für Wettbewerbsfähigkeit der Unternehmen und für kleine und mittlere Unternehmen (COSME), das Erasmus+-Programm und das LIFE-Programm.