La directive ESE est liée de façon formelle et explicite à la directive «Habitats» et à la directive EIE, mais elle a aussi des liens étroits avec d'autres directives (directives relatives à l'eau, aux nitrates, aux déchets, au bruit et à la qualité de l'air[7]) qui contiennent des dispositions concernant l'établissement et l'évaluation des plans et programmes dans des secteurs couverts par l'ESE, ainsi qu'un lien avec le protocole ESE[8].
Die SUP-Richtlinie stellt förmlich und ausdrücklich einen Zusammenhang her mit der FFH- und der UVP-Richtlinie; es besteht aber auch ein enger Zusammenhang mit anderen Richtlinien (Richtlinien über Wasser, Nitrat, Abfälle, Lärm und Luftqualität[7]), die Vorschriften für die Aufstellung und Prüfung von Plänen und Programmen in Sektoren vorsehen, die unter die SUP fallen, sowie mit dem SUP-Protokoll[8].