Ces différences concernent, en particulier, les niveaux inadéquats du financement, le processus de programmation (exercices de programmation distincts), la sélection des projets (processus d'évaluation et de sélection et procédures de sélection distincts), la mise en oeuvre des projets (règles différentes régissant les procédures de passation des marchés internes et externes) et le suivi des projets (différentes procédures d'information, de suivi et d'évaluation).
Unterschiede treten insbesondere auf beim nicht übereinstimmenden Finanzierungsvolumen, beim Programmierungsprozess (getrennte Programmierungs verfahren), bei der Projektauswahl (getrennte Bewertungs- und Auswahlprozesse sowie Entscheidungsverfahren), bei der Projektdurchführung (verschiedene Vorschriften für das interne und externe Beschaffungswesen), sowie bei der Projektüberwachung (verschiedene Verfahren für Berichterstattung, Überwachung und Evaluierung).