Depuis lors, un certain nombre d'organisations de la société civile se sont demandé si Frontex s'applique à se conformer à la Charte comme, par exemple, lors de son déploiement de gardes-frontières de l'UE en Grèce, où des immigrés ont été transférés dans des centres de rétention, pour y être détenus dans des conditions critiquées par la Cour européenne des droits de l'homme.
Seitdem haben verschiedene zivilgesellschaftliche Organisationen Zweifel daran geäußert, ob die Agentur genug unternimmt, die Charta einzuhalten. So wurde zum Beispiel der Einsatz von Grenzschutz-Teams durch Frontex in Griechenland in Frage gestellt, wo inhaftierte Immigranten in Haftanstalten unter Bedingungen untergebracht wurden, die vom Europäischen Gerichtshof für Menschenrechte kritisiert wurden.