Tuttavia, alcune aree che rivestono particolare importanza per le specie della flora e della fauna, quali i fiumi naturali, incontaminati e a corrente libera, e i siti Natura 2000 devono essere esonerate dai requisiti stabiliti per le vie navigabili interne, in particolare i requisiti relativi alla categoria IV previsti dall'articolo 17.
Einige Bereiche, die für bestimmte Pflanzen- und Tierarten von besonderer Bedeutung sind, wie beispielsweise natürliche, unberührte, frei fließende Flüsse und Natura-2000-Gebiete, sollten jedoch von den Anforderungen an die Binnenschifffahrt ausgenommen werden, insbesondere die Klasse-4-Anforderungen in Artikel 17.