Au sein de la Commission, un comité de coordination inter-services, composé de représentants de tous les services pertinents de la Commission (élargissement, agriculture, politique régionale, budget, santé et protection des consommateurs, service juridique) se réunit à intervalles réguliers depuis mars 2000.
Innerhalb der Kommission wurde ein interdirektionaler Koordinierungsausschuss eingerichtet, in dem alle relevanten Dienststellen der Kommission (Erweiterung, Landwirtschaft, Regionalpolitik, Haushalt, Gesundheit und Verbraucherschutz, Juristischer Dienst) vertreten sind und der seit März 2000 regelmäßig zusammengetreten ist.