Néanmoins, le protocole et le règlement susmentionnés reconnaissent tous les deux l'importance du bromure de méthyle dans les échanges commerciaux: pour éviter que les parasites étrangers présents dans les cultures importées ne s’introduisent dans de nouveaux environnements, un traitement à l’aide de bromure de méthyle est appliqué à ces denrées avant leur mise sur le marché (application à des fins de quarantaine), ainsi que pour empêcher les parasites de les détruire avant qu'elles ne soient expédiées (application avant expédition).
Allerdings wird sowohl im Protokoll als auch in der Ozon-Verordnung der EU anerkannt, wie wichtig Methylbromid in den Handelsbeziehungen ist – als Quarantänemaßnahme werden die Kulturen mit Methylbromid behandelt, bevor sie auf den Markt kommen, um zu verhindern, dass fremde Erreger über importierte Kulturen in neue Umgebungen gelangen, und vor dem Transport, um zu verhindern, dass Erreger die Kulturen zerstören, bevor sie versandt werden.