Toutefois, en l'absence de liste officielle, la Commission adopte une approche au cas par cas qui tient compte, d'une part, des données scientifiques existantes concernant le risque d'eutrophisation des eaux maritimes réceptrices des bassins hydrographiques concernés (données reconnues par les conventions internationales signées par ces pays : convention d'Helcom pour la mer Baltique, convention d'Ospar pour la mer du Nord, convention de Barcelone pour la Méditerranée, conventions du Danube et de la mer Noire pour la mer Noire) et, d'autre part, de la localisation et des caractéristiques des projets ISPA.
Da die ökologisch empfindlichen Gebiete jedoch noch nicht offiziell ausgewiesen sind, wendet die Kommission eine einzelfallbezogene Methode an, die einerseits die vorhandenen wissenschaftlichen Daten über das Eutrophierungsrisiko des Seewassers im Mündungsbereich der Flussgebiete berücksichtigt (die auch im Rahmen der von diesen Ländern unterzeichneten internationalen Übereinkommen anerkannt ist: Helcom für die Ostsee, Ospar für die Nordsee, Barcelona für das Mittelmeer, Donauschutz- und Schwarzmeerübereinkommen für das Schwarze Meer) und andererseits den Standort und die Eigenschaften der ISPA-Projekte in Anrechnung bringt.