Le réseau hydrographique est étendu et dense, du fait de la multiplicité des reliefs et des précipitations abondantes; deux versants se distinguent: le versant cantabrique, qui collecte les eaux de Biscaye, de Guipúzcoa et des vallées du nord d’Álava et de Navarre, et le versant méditerranéen, qui englobe Álava, la Navarre médiane et La Ribera.
Aufgrund der vielfältigen Geländeformen und der reichlichen Niederschläge ist das hydrografische Netz weitläufig und ergiebig, wobei die Entwässerung in zwei Richtungen erfolgt: einerseits zum Golf von Biskaya (dieses Einzugsgebiet umfasst die Provinzen Vizcaya und Guipúzcoa sowie die Täler im Norden der Provinz Álava und der Region Navarra) und andererseits zum Mittelmeer (Álava, der mittlere Teil Navarras und das Gebiet von La Ribera im Süden Navarras).